Thomas Pekny wurde in Linz geboren und begann nach einer Ausbildung zum
Schreiner und Holzbildhauer ein Studium an der Akademie für Bildende Künste in München. Erste Engagements als Bühnenbildner führten ihn an das Deutsche Theater nach Göttingen und an die Städtischen Bühnen Augsburg, später an das Theater Heilbronn - dort war er zwanzig Jahre lang Ausstattungsleiter - und an die Komödie im Bayerischen Hof München, wo er seit 1983 ebenfalls als Ausstattungsleiter tätig ist. Als freischaffender Bühnenbildner war er in Hamburg, Berlin, München, Warschau, Moskau und Peking tätig und arbeitete unter anderem mit den Regisseuren August und Marcus Everding, Peter Weck, Karl-Heinz Stroux,
Günther Fleckenstein, Ingmar Bergman, Klaus Wagner und Filippo Sanjust zusammen. Seit 1996 ist er Professor für Experimentelles Gestalten, Kostümdesign und Szenografie an der Hochschule Pforzheim und lehrt dort auch den neuen Studiengang Accessoire Design.