Maja Müller studierte an der Folkwang Hochschule Essen. Währenddessen spielte sie am Schauspielhaus Düsseldorf. Es folgten Festengagements am Theater Baden-Baden und am Stadttheater Pforzheim. Seit 2008 ist sie freischaffend tätig und war an Theatern in Karlsruhe, Heidelberg, Stuttgart und Stendal sowie bei den Schlossfestspielen Ettlingen engagiert. Zu ihren wichtigsten Rollen gehören u. a. Polly in „Die Dreigroschenoper“, Portia in „Der Kaufmann von Venedig“, Eliza in „My Fair Lady“, Gretchen in „Gretchen 89ff.“, Sonja in „Drei Mal Leben“ und Beatrice in „Diener zweier Herren“.
In der Spielzeit 2019/2020 gehörte Maja Müller zum Ensemble von „Sister Soul und ihre Schwestern“ an der Komödie im Marquardt. 2021/2022 spielte sie die Vorsitzende des Ethikrats in Ferdinand von Schirachs Stück „Gott“ am Alten Schauspielhaus. In der Spielzeit 2022/2023 war sie in „Glorious!“ wieder an der Komödie im Marquardt zu erleben. In dieser Saison gehört sie hier zum Ensemble von „Loriots Dramatische Werke".
In der Spielzeit 2024/2025 ist Maja Müller als Oberstaatsanwältin Heise in „Sie sagt. Er sagt." von Ferdinand von Schirach wieder am Alten Schauspielhaus zu sehen.